Tüberküloz tanısı ve ilaç direnci tespiti için yeni bir silah: tüberküloz aşırı duyarlılık tanısı için makine öğrenimi ile birlikte yeni nesil hedefli bir sekanslama (TNGS)
Literatür Raporu: CCA: Daha az bakteriyel tüberküloz ve tüberküloz menenjiti olan insanlar için uygun olan TNG'lere ve makine öğrenmesine dayanan bir tanı modeli.
Tez Başlığı: Tüberküloz hedefli yeni nesil sekanslama ve makine öğrenimi: Paukifik pulmoner tübüler ve tübüler menenjit için ultra duyarlı bir teşhis stratejisi.
Periyodik: 《Clinica Chimica Acta》
Eğer ： 6.5
Yayın Tarihi: Ocak 2024
Çin Bilimler Akademisi Üniversitesi ve Başkent Tıp Üniversitesi Pekin Göğüs Hastanesi ile birlikte, Macro & Micro-Test, ultra yüksek olan yeni nesil hedeflenen sıralama (TNGS) teknolojisi ve makine öğrenme yöntemine dayanan bir tüberküloz teşhis modeli kurdu. Birkaç bakteri ve tüberküloz menenjit ile tüberküloz için tespit duyarlılığı, iki tipte klinik teşhis için yeni bir aşırı duyarlılık tanı yöntemi sağladı. tüberküloz ve tüberkülozun doğru teşhisi, ilaç algılama ve tedavisine yardımcı oldu. Aynı zamanda, hastanın plazma cfDNA'sının TBM tanısında klinik örnekleme için uygun bir numune tipi olarak kullanılabileceği bulunmuştur.
Bu çalışmada, iki klinik kohort oluşturmak için 227 plazma örneği ve beyin omurilik sıvısı numunesi, tüberküloz tanısının makine öğrenimi modelini oluşturmak için laboratuvar tanısal kohort örneklerinin kullanıldığı ve belirlenen klinik tanılama kohort numuneleri kullanılmıştır. Teşhis modeli. Tüm numuneler ilk olarak Mycobacterium tuberculosis için özel olarak tasarlanmış hedeflenmiş bir yakalama prob havuzu tarafından hedeflenmiştir. Daha sonra, TB-TNGS sekanslama verilerine dayanarak, karar ağacı modeli, laboratuvar tanısal kuyruğunun eğitim ve validasyon setlerinde 5 kat çapraz doğrulama yapmak için kullanılır ve plazma numunelerinin tanısal eşikleri ve beyin omurilik akışkan numuneleri elde edilir. Elde edilen eşik, tespit için iki test klinik tanı kuyruğuna getirilir ve öğrencinin tanısal performansı ROC eğrisi ile değerlendirilir. Son olarak, tüberkülozun tanı modeli elde edildi.
Şekil 1 Araştırma tasarımının şematik diyagramı
Bulgular: Bu çalışmada belirlenen CSF DNA örneğinin (AUC = 0.974) ve plazma cfDNA örneğinin spesifik eşiklerine (AUC = 0.974) ve plazma cfDNA örneğine (AUC = 0.908) göre, CSF örneğinin duyarlılığı%95.65 idi ve spesifiklik%95.65 idi ve Plazma örneğinin duyarlılığı ve özgüllüğü% 82.61 ve% 86.36 idi. TBM hastalarından 44 plazma cfDNA ve beyin omurilik sıvısı DNA örneğinin analizinde, bu çalışmanın tanısal stratejisi plazma cfDNA ve beyin omurilik sıvı DNA'sında% 90.91 (40/44) tutarlılığa sahiptir ve duyarlılık% 95.45'tir. (42/44). Pulmoner tüberkülozu olan çocuklarda, bu çalışmanın tanısal stratejisi, plazma örneklerine karşı aynı hastalardan gelen mide suyu örneklerinin Xpert tespit sonuçlarından daha duyarlıdır (% 28.57'ye karşı% 15.38).
Şekil 2 Popülasyon örnekleri için tüberküloz tanı modelinin analiz performansı
Şekil 3 Eşleştirilmiş numunelerin tanı sonuçları
Sonuç: Bu çalışmada, oligobasiller tüberküloz (negatif kültür) olan klinik hastalar için en yüksek tespit duyarlılığına sahip bir teşhis aracı sağlayabilen tüberküloz için aşırı duyarlı bir tanı yöntemi oluşturulmuştur. Plazma CFDNA'ya dayanan aşırı duyarlı tüberkülozun saptanması, aktif tüberküloz ve tüberküloz menenjit tanısı için uygun bir örnek tipi olabilir (plazma örneklerinin toplanması beyin tüberkülozundan şüphelenilen hastalar için beyin omurilik sıvısından daha kolaydır).
Orijinal bağlantı: https://www.scientientirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? %3dihub aracılığıyla
Makro ve Mikro-Test Tüberküloz Serisi Algılama Ürünlerinin Kısa Giriş
Tüberküloz hastalarının karmaşık örnek durumu ve çeşitli ihtiyaçlar göz önüne alındığında, makro ve mikro test, balgam örneklerinden sıvılaşma ekstraksiyonu, Qualcomm kütüphanesi yapımı ve sıralama ve veri analizi için eksiksiz bir NGS çözeltisi seti sunmaktadır. Ürünler tüberküloz hastalarının hızlı tanısı, tüberkülozun ilaç direnci tespiti, mikobakteri tüberkülozu ve NTM tiplemesi, bakteri-negatif tüberküloz ve tüberkülozların aşırı duyarlılık tanısı vb.
Tüberküloz ve mikobakteriler için seri tespit kitleri:
| Öğe Hayır | ürün adı | ürün testi içeriği | örnek tipi | uygulanabilir model |
| Hwts-3012 | Örnek Serbest Bırakma Ajanı | Balgalı örneklerin sıvılaşma tedavisinde kullanılan, birinci sınıf bir rekor numarası, Sutong Machinery Equipment 20230047 elde etmiştir. | balgam | |
| HWTS-NGS-P00021 | Aşırı duyarlı tüberküloz için Qualcomm Miktar Tespit Kiti (prob yakalama yöntemi) | Bakteri-negatif pulmoner tüberküloz ve beyin nodülleri için invaziv olmayan (sıvı biyopsi) aşırı duyarlılık tespiti; Tüberküloz veya tüberküloz olmayan mikobakterilerle enfekte olduğundan şüphelenilen insanlar örnekleri, yüksek derinlik sekanslama metagenomikleri ile analiz edildi ve tüberküloz veya tuberculosis olmayan mikobakterilerin enfekte olup olmadığı ve ana birinci sınıf ilaç direnci bilgileri mikobakteryum tüboküllü olup olmadığının tespit bilgileri sağlandı. | Periferik kan, alveoler lavaj sıvısı, hidrotoraks ve asitler, odak delme örneği, beyin omurilik sıvısı. | İkinci nesil |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tipleme ve ilaç direnci algılama kiti (multipleks amplifikasyon sıralama yöntemi) | MTBC ve 187 NTM dahil Mycobacterium tipleme testi；Mycobacterium tüberkülozunun ilaç direnci tespiti, 13 ilaç ve 16 çekirdek mutasyon bölgesini ilaç direnci genlerinin kapsar. | Balgam, alveoler lavaj sıvısı, hidrotoraks ve asitler, odak delme örneği, beyin omurilik sıvısı. | İkinci/Üçüncü Nesil Çift Platform |
Öne Çıkanlar: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium Tiping ve İlaç Direnç Algılama Kiti (Multipleks Amplifikasyon Yöntemi)
Ürün Giriş
Ürün, NTM tedavi kılavuzlarında yaygın olarak kullanılan WHO TB tedavi kılavuzlarında, makrolidlerde ve aminoglikozitlerde açıklanan ana birinci ve ikinci basamak ilaçlara dayanmaktadır ve ilaç direnci bölgeleri, bir grup ilaç direnci ile ilgili bölgeyi kapsar. Yüksek skorlu literatürlerin araştırılmasına ve istatistiklerine göre Mycobacterium tuberculosis kompleks mutasyon kataloğunun yanı sıra bildirilen diğer ilaç direnci genleri ve mutasyon bölgeleri yurtiçinde ve yurtdışında.
Yazma tanımlaması, Çin Tüberküloz ve Solunum Hastalıkları Dergisi ve Uzmanların Konsensüsü tarafından yayınlanan NTM kılavuzlarında özetlenen NTM suşlarına dayanmaktadır. Tasarlanan yazma primerleri, 190 NTM'den fazla türü yükseltebilir, sıralayabilir ve açıklayabilir.
Hedeflenen multipleks PCR amplifikasyon teknolojisi yoluyla, Mycobacterium'un genotipleme genleri ve ilaca dirençli genleri, multipleks PCR ile amplifiye edildi ve tespit edilecek hedef genlerin amplikon kombinasyonu elde edildi. Amplifiye edilmiş ürünler, ikinci nesil veya üçüncü nesil yüksek verimli sekanslama kütüphanelerine inşa edilebilir ve tüm ikinci nesil ve üçüncü nesil sekanslama platformları, hedef genlerin dizi bilgilerini elde etmek için yüksek derinlemesine sekanslamaya tabi tutulabilir. Yerleşik referans veritabanında yer alan bilinen mutasyonlarla karşılaştırılarak (Who Mycobacterium tuberculosis kompleks mutasyon kataloğu ve ilaç direnci ile ilişkisi dahil), ilaç direnci veya anti-tuberküloz ilaçlarının duyarlılığı ile ilgili mutasyonlar belirlendi. Kendinden açılan balgam numune tedavi çözeltisi ile makro ve mikro testle birlikte, klinik balgam örneklerinin (geleneksel yöntemlerden on kat daha yüksek) düşük nükleik asit amplifikasyon etkinliği problemi çözüldü, böylece ilaç direnci sekanslama tespiti Doğrudan klinik balgam örneklerine uygulanır.
Ürün algılama aralığı
34ilaç direnci ile ilgili genler18anti-tüberküloz ilaçları ve6NTM ilaçları tespit edildi.297ilaç direnç bölgeleri; On çeşit Mycobacterium tuberculosis ve190NTM türleri tespit edildi.
Tablo 1: 18+6 ilaç+190+NTM bilgisi
Ürün avantajı
Güçlü klinik uyarlanabilirlik: Balgalı örnekler, kültür olmadan kendi kendine sıvılaşma maddesi ile doğrudan tespit edilebilir.
Deneysel operasyon basittir: ilk amplifikasyon işleminin turu basittir ve kütüphane inşaatı 3 saat içinde tamamlanır, bu da iş verimliliğini artırır.
Kapsamlı yazma ve ilaç direnci: Klinik kaygının kilit noktaları, doğru yazma ve ilaç direnci tespiti, bağımsız analiz yazılımını destekleyen ve tek bir tıklamayla analiz raporları oluşturan MTB ve NTM'nin yazma ve ilaç direnci bölgelerini örtmek.
Uyumluluk: Ürün uyumluluğu, ana akım ILM ve MGI/ONT platformlarına uyum.
Ürün spesifikasyonu
| Ürün kodu | ürün adı | Algılama platformu | spesifikasyonlar |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tipleme ve ilaç direnci algılama kiti (multipleks amplifikasyon yöntemi) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus Pro | 16/96rxn |
Gönderme Zamanı: 23 Ocak-2024